La Comparsa de Alagoneses se rige por un sistema asambleario de gobierno, en el que la Asamblea General es el órgano superior por el que deben pasar las decisiones más importantes de la entidad. En 2006 se acuerda que de forma ordinaria se convoquen cuatro Asambleas al año: enero, marzo, septiembre y diciembre. Hasta ese año, la convocatoria era mensual, después del almuerzo mensual que continúa realizándose el primer domingo de cada mes, al finalizar la misa de San Blas.
La Asamblea General es la encargada de elegir al Presidente.
El órgano de gobierno es la Junta Directiva, que se elige (o renueva) cada dos años. Está formada por el Presidente, Vicepresidente, Secretario, Tesorero y Vocales.
En la Junta Directiva encontramos también otros cargos como los dos Mayordomos que nos representan en la Mayordomía de San Blas y el Censor de Cuentas que anualmente revisa las cuentas de dicha entidad.
Para las Fiestas de Moros y Cristianos, varios socios son nombrados Delegados, que son las personas que velan por el buen desarrollo de los actos en los que participa la Comparsa de Alagoneses.
El Consejo Asesor de expresidentes es un órgano consultivo, creado para tratar temas de gran relevancia para la Comparsa, homenajes y distinciones, etc. Es convocado cuando la ocasión lo recomiende.
Comparsa de Alagoneses 